Esculpido en el túnel de viento y con un alma de competición, se trata del modelo más rápido producido por Pagani hasta la fecha, y prueba de ello son los 6 minutos y 47 segundos que ha tardado en completar la vuelta ha Nurburgring Nördschifle. Dado que no está homologado ni para circular en la calle ni en los circuitos, resulta difícil encontrarle alguna utilidad, pero aun con su estrátosférico precio superior al millón y medio de euros, las quince unidades producidas fueron vendidas casi el mismo día de su presentación. Inspirado en el Zonda F, tiene una distancia entre ejes más larga que le otorga una mejor estabilidad en recta para poder exprimir todo el poderío que le brinda el imponente motor V12 de 6 litros de origen Mercedes-Benz AMG montado en posición central con una potencia máxima de 750 CV a 7500 rpm. y un par motor máximo de 710 Nm a 5700 rpm. Las prestaciones son increíbles: acelera de 0 a 100 Km/h en 2'7 s. y alcanza 350 Km/h. Además, su exagerada carrocería con multitud de elementos aerodinámicos permite generar unos increíbles 1500 Kg. de fuerza aerodinámica a 300 Km/h. Gracias a su liviano peso de tan sólo 1070 Kg, logra una relación peso-potencia de tan sólo 1'43 Kg./CV. La transmisión secuencial transversal XTRAC de seis velocidades cambia de marcha en tan sólo 20 milisegundos. El coche va montado sobre unos neumáticos Pirelli PZero con unas medidas de 255/35 y llantas de 19" delante y 335/30 con llantas de 20" detrás. Los frenos son unos discos carbono-cerámicos con servorefrigeración Brembo con un sistema ABS diseñado conjuntamente con Bosch-Motorsport, quien también se encargó del control de tracción de 12 etapas que permite cambios en marcha. El interior de este Pagani cuenta con multitud de elementos de la alta competición, como un extintor, una jaula antivutelco y unos báquets con arneses de cinco puntos para asegurar una sujección total en cada curva en el anormal caso de que sus dueños pisasen un circuito. El Pagani Zonda R es el anteúltimo modelo de producción del Zonda, el cual lleva más de 10 años fabricándose, y que será sustituído por el Pagani Huayra.